巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。


「始祖の巨人」の力を掌握したエレンは生まれ育ったパラディ島の平和のため、島外の人類を根絶やしにすることを決意する。そして行進を開始したエレンと巨人の大群。彼らは救世主なのか悪魔なのか。結論は出ないまま、ミカサやアルミン達は世界を助けるために動き始めた……。